我们可以通过以下步骤来计算：

1. **第一年年末的本利和**：
   - 初始存款：100万元
   - 年利率：3%
   - 第一年利息 = 100万元 * 3% = 3万元
   - 第一年年末本利和 = 100万元 + 3万元 = 103万元

2. **第二年年末的本利和**：
   - 第二年开始时的本金 = 103万元
   - 第二年利息 = 103万元 * 3% = 3.09万元
   - 第二年年末本利和 = 103万元 + 3.09万元 = 106.09万元

3. **第三年年末的本利和**：
   - 第三年开始时的本金 = 106.09万元
   - 第三年利息 = 106.09万元 * 3% ≈ 3.1827万元
   - 第三年年末本利和 ≈ 106.09万元 + 3.1827万元 ≈ 109.2727万元

因此，第三年年末的本利和约为 **109.27万元**。

为了验证，我们也可以使用复利计算公式：

\[ A = P \times (1 + r)^n \]

其中：
- \( A \) 是本利和
- \( P \) 是每年存入的本金（这里是100万元）
- \( r \) 是年利率（3% = 0.03）
- \( n \) 是年数（这里是3年）

但由于每年年初存入100万元，我们需要逐年计算：

\[ A_3 = 100 \times (1 + 0.03)^3 + 100 \times (1 + 0.03)^2 + 100 \times (1 + 0.03) \]

\[ A_3 = 100 \times 1.092727 + 100 \times 1.0609 + 100 \times 1.03 \]

\[ A_3 \approx 109.2727 \]

所以，第三年年末的本利和确实约为 **109.27万元**。